Στην επιστημονική σειρά «Κρητικά Χρονικά», τ. Η΄, 1954, σελ. 23, η Κ. Τσατσαρωνάκη δημοσίευσε «Ἔκθεση ὠμοτήτων τοῦ 1866» στην οποία αναφέρεται:
«Μούλια, Ἐκ τῶν 20 οἰκιῶν τάς 10 ἔκαυσαν, τήν Ἐκκλησίαν «Ἅγιοι Ἀπόστολοι» βεβηλώσαντες κατεύκασαν. Κατά τόν Αὔγουστον τοῦ 1867 συλλαβόντες τούς ὑποτεταγμένους Δημήτριον Μανουσάκην, Ἀπόστολον Χοιρομουριδάκην καί Ζαχάρην Κορνιλάκην δέσαντες τάς χεῖρας, ἐξωρύξαντες τούς ὀφθαλμούς, ἀπεκόψαντες τάς χεῖρας, τήν ῥίνα, τά ὦτα, τά χείλη άπεκεφάλισαν».
Μικρό 4/σέλιδο έντυπο με πληροφορίες της περιοχής για την θυσία των Αγίων κυκλοφόρησε ο π. Εμμ. Λεκάκης, Εφημέριος Ά. Μουλίων. Βιβλίο με αναλυτικές παρουσιάσεις συνέγραψε ο Πανοσιολ. Αρχιμ. Χρυσόστομος Παπαδάκης, Πρωτοσύγκελλος της Ι. Μητροπόλεώς μας, με τίτλο: «Τών Αγίων Τριών Κρητών Νεομαρτύρων των εκ Μουλίων Αποστόλου, Δημητρίου και Ζαχαρίου, βίος, ακολουθία, παρακλητικοί κανόνες, έκδοσις Ενορίας Ά. Μουλίων, 2004».
Οι χριστιανικές οικογένειες των Ά. Μουλίων αναγκάστηκαν να φύγουν μόλις εντάθηκε η επανάσταση του 1866 μ.Χ. Οι οικογένειες των Νεομαρτύρων, κατέφυγαν στο φαράγγι πάνω από το Ζαρό στον Αγ. Νικόλαο. Όταν έφθαναν στο Μουλιανό Πόρο, έπεσαν σέ περίπολο την οποία αποτελούσαν Αξεντιανοί οθωμανοί, οι οποίοι φημίζονταν για τα βάρβαρά τους ένστικτα. Οι έφιπποι της περιπόλου τους έφθασαν στην περιοχή Άγιος Βασίλειος. Οι τρείς Άγιοι δεν κρατούσαν όπλα, ούτε δημιούργησαν συμπλοκή και συνελήφθησαν αμέσως ο Δημήτριος και ο Απόστολος. Αρνήθηκαν να αλλαξοπιστήσουν και τους υπέβαλλαν σε φρικτά βασανιστήρια. Τους χτύπησαν αλύπητα, τους έκοψαν τα χέρια, τη μύτη και τα αυτιά, τους έβγαλαν τα μάτια και τέλος τους θανάτωσαν διά σφαγής. Τον Ζαχαρία τον άφησαν τελευταίο για να δει τα βασανιστήρια των άλλων και να λυγίσει. Συνέβη όμως το αντίθετο, γι’ αυτό αφού του πέρασαν γύρω από την μέση ένα σχοινί, το έδεσαν στη σέλα ενός αλόγου και τον έσερναν με ταχύτητα πάνω στα βράχια και τα κλαδιά. Κρατήθηκε από τον κορμό μιας αγριαχλαδιάς και τότε του έκοψαν με σπαθί και τα δυο χέρια. Εκεί τον αποτελείωσαν χτυπώντας τον στο κεφάλι επτά φορές. Αυτές οι επτά σπαθιές φαίνονται στο κρανίο του.
Δίπλα από τον τόπο πού μαρτύρησαν οι δυο πρώτοι, βρισκόταν ένα ρυάκι. Στην κοίτη του που ήταν το χώμα μαλακό έσκαψαν ευλαβείς Χριστιανοί πρόχειρα και έθαψαν και τούς τρείς. Κάθε βράδυ παρουσιάζονταν τρία φώτα πάνω από τον τόπο της ταφής. Άλλαξε ο ρους του ρυακιού και τούτο για να μην παρασύρουν τα νερά το απαλό χώμα των τάφων και παρασύρουν τα ιερά σκηνώματα. Με ενύπνιο σε συγχωριανό τους, ζήτησαν οι Άγιοι να γίνει η εκταφή τους και να μεταφερθούν τα ιερά λείψανα στο Ναό των Αγ. Αποστόλων. Έγινε η εκταφή και τοποθετήθηκαν τα λείψανα σ ένα σεντούκι. Μεταφέρθηκαν στο Ναό του χωριού και τοποθετήθηκαν στην αριστερή κόγχη προ του ιερού Βήματος. Με τον καιρό, άρχισε να παρουσιάζεται πάνω από το σεντούκι ένα παράδοξο θέαμα, εμφανίστηκε ιστός αράχνης που μέρα με τη μέρα πύκνωνε και πάνω σ᾽ αυτόν σχηματίστηκαν τα πρόσωπα των Αγίων.
Μετά το μαρτύριο, οι οθωμανοί δεν είχαν ησυχάσει, γι’ αυτό και προξένησαν δεινά στις οικογένειες των Αγίων, όπως η απαγωγή μιας από τις τρείς θυγατέρες του μάρτυρα Ζαχαρία, που την έλεγαν Παπαδιά, την οποία πούλησαν σκλάβα στην Κωνσταντινούπολη. Εκεί παντρεύτηκε κάποιο χριστιανό και έκανε οικογένεια. Αυτή είδε σέ ενύπνιο τον πατέρα της, ο οποίος της είπε να σκάψει ο Ιωσήφ Χασουράκης, τότε παιδί, (διππάπους του σημερινού Εφημερίου Ά. Μουλίων, π. Ιωάν. Χασουράκη) μέσα στην Εκκλησία και στον τόπο όπου είχαν τοποθετηθεί αρχικά τα άγια λείψανα, διότι θα εύρισκαν αγίασμα με το οποίο θα γίνονταν πολλές θεραπείες. Η Παπαδιά ήλθε από την Κωνσταντινούπολη και διηγήθηκε το ενύπνιό της. Πράγματι, σε βάθος δυο μέτρων, βρέθηκε το αγίασμα και πολλοί ασθενείς έρχονταν από πολλά μέρη της Κρήτης και γιατρεύονταν. Ο χώρος αυτός του αγιάσματος σήμερα είναι προστατευμένος.
Το 1946 μ.Χ., ο π. Μιχ. Τσαφαντάκης εφημέριος της Ενορίας, έβαλε τον ανιψιό του Κων. Π. Αποστολάκη να αντικαταστήσει φθαρμένο σοβά στα χαμηλά μέρη του Ιερού Βήματος. Χτυπώντας κατάλαβε από υπόκωφο θόρυβο που άκουσε, ότι μέσα στον τοίχο υπήρχε κενό. Φώναξε το θείο του Ιερέα και αφού αφαίρεσαν το λεπτό κτίσμα, βρήκαν το εντοιχισμένο ντουλαπάκι και μέσα σ᾽ αυτό το σεντούκι με τα άγια λείψανα. Καθώς το άνοιξαν, ο Ναός πλημμύρισε από έντονη θεία ευωδία η δε οροφή του Ναού, γέμισε μυροβόλες σταγόνες αγιάσματος. Το σεντούκι είχε υποστεί φθορά και θεώρησαν καλύτερο να τοποθετήσουν τα λείψανα, μέσα σέ μεταλλικό δίσκο και στη συνέχεια να τα βάλλουν στο ίδιο κούφωμα.
Στις 23 Αυγούστου 1981 μ.Χ., λειτούργησε στα Μούλια ο μακαριστός Μητροπολίτης Γορτύνης και Αρκαδίας Κύριλλος, έγινε το άνοιγμα της μικρής αυτής κρύπτης και η μετακομιδή των λειψάνων στον κυρίως Ναό.
Στις 21 Αυγούστου 2011 μ.Χ., ο Σεβ. Μητροπολίτης Γορτύνης και Αρκαδίας Μακάριος, τέλεσε με τεμάχια των ιερών λειψάνων των Αγίων Τριών Νεομαρτύρων τα ιερά εγκαίνια του προς τιμήν τους ανεγερθέντος Ιερού Ναού στα Ά. Μούλια, με δαπάνες των εκ των συγγενών των Αγίων, Κωνσταντίνου Αποστολάκη και Εμμ. Αναγνωστάκη.
Ἀπολυτίκιον
Ἦχος α’. Τῆς ἐρήμου πολίτης.
Τούς βλαστούς τῶν Μουλίων, καί τῆς Κρήτης ἀδάμαντας, σύν τῷ θαυμαστῷ Ἀπoστόλῳ, Ζαχαρίαν, Δημήτριον, τιμήσωμεν ἐν ὕμνοις εὐσεβῶς, ὡς νέους Ἀθλοφόρους τοῦ Χριστοῦ˙ ἀναβλύζουσι γάρ χάριτος δωρεᾶς, τοῖς εὐσεβῶς κραυγάζουσι˙ δόξα τῷ θαυμαστώσαντι ὑμᾶς, δόξα τῷ μεγαλύναντι, δόξα τῷ χορηγοῦντι δι᾽ ὑμῶν, ἔλεος ἄνωθεν.
