Υπήρξε 58ος στη σειρά των Πάπων της Ρώμης και κλήθηκε στον ποντιφικό θρόνο το 535 μ.Χ. Ήταν ασκητικός τύπος και άνθρωπος μεγάλης αρετής. Για την αίρεση των μονοφυσιτών πήγε στην Κωνσταντινούπολη, όπου καθήρεσε τον Πατριάρχη Άνθιμο Α' από την Τραπεζούντα, για τα όχι καλά φρονήματα του, και με σύνοδο υπό την προεδρία του ανέδειξε Πατριάρχη τον Πρεσβύτερο Μήνα, κληρικό ευσεβέστατο και Ορθόδοξο. Στην Κωνσταντινούπολη έτυχε μεγάλης υποδοχής από τον αυτοκράτορα Ιουστινιανό, τον κλήρο και τον λαό. Στους Συναξαριστές βρίσκουμε και τις εξής διηγήσεις γι' αυτόν: Ότι κατά το ταξίδι του, σ' ένα Ελληνικό λιμάνι βρήκε κάποιο άνθρωπο άλαλο από τη γέννηση του και ανίκανο να βαδίζει. Το θέαμα ήταν ελεεινό και η καρδιά του Πάπα Αγαπητού ελέησε τον πάσχοντα. Μόνο με την αφή του, του απόδωσε την υγεία των ποδιών του, κατόπιν έβαλε στο στόμα του τη θεία Κοινωνία και έλυσε και τα δεσμά της γλώσσας του. Άλλο θαύμα έκανε στην Κωνσταντινούπολη, με το να θεραπεύσει έναν τυφλό, που συνάντησε στη Χρυσή πύλη. Ο Πάπας Αγαπητός πέθανε το 536 στην Κωνσταντινούπολη, ένα χρόνο μετά την ενθρόνιση του. Το ιερό λείψανό του ενταφιάσθηκε στο ναό των Αγίων Αποστόλων, όπου και ετελείτο η Σύναξή του.