Δεν είναι γνωστός ο τόπος καταγωγής και ποιοί ήταν οι γονείς του Αγίου Μακάριου. Υπήρξε μαθητής του Αγίου Νήφωνος (†1508 - βλέπε 11 Αυγούστου) Πατριάρχου Κωνσταντινουπόλεως, του οποίου τον βίο μιμήθηκε. «Φθάσας δε εις το άκρον και τέλειον της θείας αγάπης εφλέγετο καθ' εκάστην η καρδία του και επόθει να αξιωθή να τελειώση την ζωήν του με μαρτυρικόν θάνατον». Φανέρωσε τον ένθεο πόθο του στον άγιο διδάσκαλό του, που βρισκόταν τότε πάλι στην Ιερά Μονή Βατοπαιδίου, και αφού γνώρισε ότι η επιθυμία του είναι πράγματι κατά θεία βούληση, τον νουθέτησε κατάλληλα, του ευχήθηκε, τον ευλόγησε, τον κατεφίλησε και τον κατευόδωσε προς την οδό του μαρτυρίου και του είπε: «Άπελθε, τέκνον, εις την οδόν του μαρτυρίου, ότι κατά την προθυμίαν σου, θέλεις αξιωθή να λάβης τον στέφανον της αθλήσεως και να αγάλλεσαι αιωνίως μετά των μαρτύρων και των οσίων».
Ο Μακάριος είχε συνοδεύσει, μαζί με τον παραδελφό του Ιωάσαφ (βλέπε 26 Οκτωβρίου), τον Γέροντά του Άγιο Νήφωνα στις μακρές και καρποφόρες ιεραποστολικές περιοδείες του στη Μακεδονία και στην Ουγγροβλαχία. Το 1505 μ.Χ. ήλθαν και εγκαταστάθηκαν στη Μονή Βατοπαιδίου. Έμειναν επί μία διετία.
Κατά την προφητεία του Αγίου Νήφωνος ο μακάριος Μακάριος μετέβη με χαρά στη Θεσσαλονίκη κηρύττοντας με θάρρος τον Χριστό στους μουσουλμάνους. Συνελήφθη και βασανίσθηκε ανελέητα από τους Τούρκους. Τον κτύπησαν με μαχαίρια και ξύλα και αιμόφυρτο τον οδήγησαν στη φυλακή, όπου στο τέλος τον αποκεφάλισαν. Όταν με τον φωτισμό και τη χάρη του Αγίου Πνεύματος ο Άγιος Νήφων πληροφορήθηκε, ευρισκόμενος στη μονή Βατοπαιδίου, το γεγονός την ίδια ώρα, λέει στον άλλο μαθητή του Ιωάσαφ, τον παραδελφό του Μακαρίου: «Να ηξεύρης τέκνον μου, ότι ο συνάδελφός σου Μακάριος ετελείωσε σήμερον διά του Μαρτυρίου, και υπάγει να χαίρεται εις τους Ουρανούς, με τους χορούς των Οσίων, και των Μαρτύρων».
Η μνήμη του οσιομάρτυρος Μακαρίου, που θεωρείται και ο πρώτος Νεομάρτυς Αγιορείτης, τιμάται στις 14 Σεπτεμβρίου. Το μαρτύριό του πραγματοποιήθηκε το 1507 μ.Χ. και όχι το 1527 μ.Χ., όπως λανθασμένα αναφέρεται, αφού ο Γέροντάς του Άγιος Νήφων εκοιμήθη το 1508 μ.Χ.
