Ο Ιερός Ναός της Παναγίας της Βατούσαινας βρίσκεται σε απόμερο σημείο στο Βόρειο μέρος του νησιού, κοντά στην περιοχή του μεγάλου μοναστηριού. Σύμφωνα με την παράδοση, είναι ο παλιότερος Αγιορείτικος ναός των Ψαρών. Μια επιγραφή πάνω από την είσοδο, μας πληροφορεί ότι "ανεκενίσθη ο παρόν ναός 1808 Ιουνίου 10".
Πρόκειται για μονόχωρο ορθογωνικό ναό, με τη διαφορά ότι στο δυτικό μέρος διαμορφώνεται νάρθηκας καλυμμένος με υπερυψωμένο σταυροθόλιο, ως προς την Ανατολική κάμαρα, του οποίου ο όγκος δημιουργεί εξωτερικά βαθμιδωτή μετάβαση προς τον τρούλο.
Ο νάρθηκας χωρίζεται από τον κυρίως ναό με ξύλινο διάφραγμα. Η κάλυψη είναι και εδώ με σχιστόπλακες πάνω από οριζόντιο περιφερειακό γείσο. Ο τρούλος σχηματίζει οκτάπλευρο τύμπανο με ισάριθμα τοξωτά τυφλά παράθυρα, από τα οποία διαγράφονται εξωτερικά τα έξι. Στην πρόσοψη του μνημείου, δεξιά και αριστερά της εισόδου, ανοίγονται δύο κόγχες, ενώ στους εσωτερικούς πλευρικούς τοίχους επτά ορθογώνιες, «θυρίδες».
Στο δάπεδο του κεντρικού χώρου σχηματίζεται είδος ομφάλιου με τετράγωνη πλάκα τοποθετημένη διαγωνίως μέσα σε τετράγωνο πλαίσιο. Στις πλευρές ανοίγονται πέντε παράθυρα, πάνω από τα οποία διαγράφονται εξωτερικά τυφλά αψιδώματα. Ο νότιος τοίχος φέρει κεραμοπλαστικό διάκοσμο με σταυρούς όμοιους με εκείνους του Καθολικού της Μονής που, όπως είπαμε, συναντιούνται συχνά στο Άγιο Όρος. Στο Βορειοδυτικό. μέρος του ναού σώζεται σειρά κελιών στεγασμένων με ασπίδες επί λοφίων.
