Το τίμιο λείψανο του Προφήτη Ζαχαρία βρέθηκε στα χρόνια του Θεοδοσίου του νέου το 409 μ.Χ., στο χωριό Κοφάρ της Ελευθερούπολης στην Παλαιστίνη, από κάποιο άνθρωπο που ονομαζόταν Καλήμερος. Φορούσε λευκό ένδυμα, μίτρα χρυσή στο κεφάλι και σανδάλια χρυσά στα πόδια όπως βρισκόταν στο θυσιαστήριο, όταν λειτουργούσε στον Θεό, όπως χαρακτηριστικά αναφέρει ο Δοσίθεος στη Δωδεκάβιβλο.
Το Ιερό λείψανο του Προφήτη Ζαχαρία βρίσκεται τώρα στην Ιταλία, όπως λέει ο Ιεροσολύμων Νεκτάριος στο έργο του περί της αρχής του Πάπα αντιρρήσεως.
Τέλος, ορισμένοι Συναξαριστές αναφέρουν, ότι μαζί με την προαναφερθείσα εύρεση των λειψάνων του Προφήτη Ζαχαρία, εορτάζουμε και την εύρεση λειψάνων του Ιωσήφ, γιου του Ιακώβ. Κατά πόσο όμως αυτό ανταποκρίνεται στην πραγματικότητα δεν γνωρίζουμε.
