Η Ιερά Μονή της Τροοδιτίσσης κατέχει εξέχουσα θέση μεταξύ των Κυπριακών Μονών, όχι μόνο για την αξιοθαύμαστη φυσική ωραιότητα, η οποία την περικοσμεί, αλλά και για την αξιόλογη παλαιότητά της, για τον πλούτο των ζωγραφικών καλλιτεχνημάτων της και, συν τούτοις, για την σιωπηρή δράση, την οποία με ζήλο ανέπτυξε και αναπτύσσει, παρά τις αλλεπάλληλες δυσχερείς περιστάσεις.
Κτισμένη ψηλότερα από όλες τις Μονές του Νησιού, 1370 μέτρα πάνω από την επιφάνεια της θάλασσας, βασιλεύει μέσα στην τερπνότατη πευκοσκεπή αγκάλη του Τροόδους, του αγέρωχου αυτού Κυπριακού Ολύμπου· γι' αυτό και προσφυέστατα έχει ονομαστεί «Τροοδίτισσα».
Παράδοση και ιστορία προσφέρουν αδιασάλευτη στήριξη στην σεβαστή αρχαιότητα της Μονής. Άρχισε το θείον έργο της ως ασκητικό σπήλαιο, μέσα στην φρικτή καταιγίδα της εικονομαχίας και των αραβικών επιδρομών, και το συνέχισε επί μακρούς αιώνες ως σεβάσμιο οργανωμένο κέντρο μοναχικής άθλησης και γενικότερης εκκλησιαστικής και εθνικής δράσης. Η Τροοδίτισσα έχει δείξει αδάμαστη αντοχή σε κάθε εναντιότητα, επέζησε μέσα από την Φραγκική καταδυνάστευση, υπερενίκησε τον διαλυτικό φανατισμό της Τουρκικής αλλοδοξίας, και με επαινετή ευστάθεια συνεχίζει τον καλό αγώνα της μοναστηριακής παράδοσης.
Κατά τούς χρόνους της εικονομαχίας, πολλοί ζηλωτές Μοναχοί έφυγαν κρυφά σε χώρες που δεν ίσχυε η θέληση του εικονομάχου Αυτοκράτορα. Η παράδοση προσθέτει ειδικότερα ότι ο Μοναχός, που είχε μαζί του μία εικόνα της Παναγίας, που αργότερα ονομάστηκε Τροοδίτισσα, κατέφυγε στο Ακρωτήρι της Λεμεσού στην Μονή του Αγίου Νικολάου, κατά το έτος 762 μ.Χ. Ο Μοναχός έμεινε στην ονομαστή αυτή Μονή του Ακρωτηρίου εικοσιπέντε περίπου χρόνια, δηλαδή μέχρι το 787 μ.Χ. Κατά το έτος εκείνο κατέπαυσε ο πρώτος σάλος της εικονομαχίας.
Ο μοναχισμός άρχισε και πάλιν να ανθεί, ο δε φυγάς Μοναχός έκρινε ότι ήρθε και γι' αυτόν ο καιρός της ήσυχης επί των ορέων ασκητικής ζωής.
Στην εκπλήρωση του ευσεβούς αυτού πόθου του τον βοήθησε η ίδια η Παναγία της οποίας το ιστορικό ζωγραφισμένο ομοίωμα διαφύλαττε με τόση στοργή αφού του παρουσιάστηκε καθ ύπνον, και του υπέδειξε να μεταφέρει την εικόνα και την μοναχική του σκήτη στον τόπο, πάνω από τον οποίο θα έβλεπε στήλη πυρός.
Ο ασκητής αποχαιρέτησε τους Μοναχούς του Αγίου Νικολάου και, κρατώντας καλά τυλιγμένο τον ιερό του θησαυρό, ξεκίνησε κατευθυνόμενος προς το μυστηριώδες φως, το οποίο έλαμπε στην πλαγιά του Κυπριακού Ολύμπου. Πέρασε μέσα από τις καλλιεργημένες εκτάσεις, προχώρησε στα ακατοίκητα δασώδη ύψη και, χωρίς δυσκολία, κάτω από την ασφαλή οδηγία της θεϊκής πύρινης στήλης, έφθασε στο σπήλαιο, το μέχρι σήμερα γνωστό ως «το Σπήλαιον της Τροοδιτίσσης».
Στο ειρηνικό και απόκοσμο αυτό Σπήλαιο έζησε τα υπόλοιπα χρόνια της ζωής του ο Μοναχός, μέσα στα χιόνια και τις καταιγίδες, αφιερωμένος στην προσευχή, νηστεία και μελέτη των Ιερών Συγγραμμάτων, και προσφέροντας την ανεκτίμητη εικόνα προς ασπασμό στους κατ αρχάς λίγους και συνεχώς περισσότερους ευσεβείς προσκυνητές, οι οποίοι προσέρχονταν για να ακούσουν για την θαυμαστή διάσωσή της και να προσφέρουν φόρο τιμής στον σεβάσμιο Ασκητή.
Αργότερα ο Μοναχός πέθανε και τάφηκε έξω από το Σπήλαιο, χωρίς να αξιωθεί να κτίσει Μονή, όπως το ποθούσε, για να στεγάσει με πλήρη ασφάλεια την εικόνα του, η οποία φημιζόταν πλέον ως «η Παναγία η Τροοδίτισσα».
Τα χρόνια περνούσαν και η εικόνα της Παναγίας έμενε μόνη μέσα στο Σπήλαιο. Κατά το έτος 990 μ.Χ. περίπου ευσεβής βοσκός από χωριό που ονομαζόταν Αφαμης, διέκρινε φως κάθε βράδυ μεταξύ βράχων ψηλά στο Τρόοδος. Ήταν βέβαιος ότι δεν επρόκειτο για συνηθισμένο φως. Ανέφερε το γεγονός της μυστηριώδους εκείνης λάμψης και σε άλλους και με υπόδειξη των εκκλησιαστικών Αρχών ξεκίνησε μία ομάδα διερεύνησης συνοδευόμενη από ιερέα. Η αναρρίχηση στους βράχους την νύκτα ήταν δύσκολη, αλλά το φως έλαμπε όπως το Αστέρι που είδαν οι Μάγοι στην Ανατολή, και οδηγούσε την ομάδα στον δρόμο της, μολονότι κατά διαστήματα εχάνετο. Όταν έφθασαν προ του Σπηλαίου, είδαν ότι κανένας δεν κατοικούσε εκεί ούτε υπήρχαν ορατά ίχνη χειρός η ποδός ανθρώπου, ένα κανδήλι όμως κρεμασμένο από τον βράχο έκαιε μπροστά από μία ωραιότατη εικόνα της Παρθένου Μαρίας.
Η ανακάλυψη του Σπηλαίου με την σεβάσμια εικόνα της Παναγίας και με το θαυμαστό φως συγκίνησε τούς ευσεβείς χριστιανούς και αποφασίστηκε, ως επιβεβλημένη πλέον, η ίδρυση Μοναστηριού πλησίον του ιερού Σπηλαίου.
Προσλήφθηκαν κτίστες από τα πλησίον χωριά και η εργασία της θεμελίωσης της νέας Μονής άρχισε, παρά τα εμπόδια στα οποία προσέκρουε, λόγω της μεγάλης κατωφέρειας που σχημάτιζε το έδαφος και της σκληρότητας των βράχων, η οποία καθιστούσε την χρησιμοποίησή τους δύσκολη και δαπανηρή.
Το απαραίτητο νερό για την κατασκευή του πηλού μεταφερόταν μέσα σε στάμνες από τον μικρό ποταμό ο οποίος τρέχει σε μικρή απόσταση ανατολικά του Σπηλαίου. Αόρατη όμως δύναμη εμπόδιζε την μεταφορά, διότι οι στάμνες διαρκώς γλιστρούσαν από τούς ώμους των εργατών και κομματιάζονταν πάνω στους βράχους. Γενικότερα, δεν σημειωνόταν καμιά πρόοδος στο έργο της ανοικοδόμησης, διότι η οικοδομή την οποία οι εργάτες εκτελούσαν την ημέρα έπεφτε την νύκτα και το πρωί παρουσιαζόταν σωρός ερειπίων. Τι έπρεπε να γίνει;
Κάποιο πρωί, μια στάμνα γεμάτη καθαρό νερό ανακαλύφθηκε προς τα δυτικά του Σπηλαίου, κάτω στο γωνιακό κοίλωμα που σχηματίζεται από την προσέγγιση των λόφων. Ήταν φανερό πλέον ότι Άγγελος Κυρίου είχε τοποθετήσει εκεί την στάμνα αυτή του νερού, για να φανερώσει το σημείο που κρυβόταν πηγή και που υπήρχε ευνοϊκή θέση για το νέο Μοναστήρι. Έσκαψαν και ανακάλυψαν την ελπιζόμενη πηγή, και στο πλησίον αυτής ισοπέδωμα άρχισαν χωρίς αναβολή την θεμελίωση της Μονής. Το έργο δεν εμποδίστηκε πλέον· οι τοίχοι δεν έπεφταν κατά την νύκτα, διότι το νέο Μοναστήρι κτιζόταν στον τόπο της θείας εκλογής. Μόλις συμπληρώθηκε το κτίσιμο του Ναού, τοποθετήθηκε μέσα σ’ αυτόν με λαμπρή τελετή η Τροοδίτισσα Παναγία του Σπηλαίου.
Τον ιερό αυτό Ναό τον πυρπόλησαν οι Τούρκοι κατακτητές κατά το έτος 1585 μ.Χ., μαζί δε με αυτόν και ολόκληρη την Μονή. Οι Μοναχοί με μεγάλη δυσκολία κατόρθωσαν να διασωθούν μέσα στο δάσος, θρηνούντες την μεγάλη συμφορά τους. Ο τότε ηγούμενος της Μονής Παρθένιος, βοηθούμενος από τούς Μοναχούς του και από τις γύρω Κοινότητες, προέβη και πάλι στην ανοικοδόμηση της Μονής. Έκτισε κελιά και ξενώνα και ανήγειρε εκ βάθρων τον σεβάσμιο της Παναγίας Ναό. Στον νέο αυτό Ναό, μέσα σε σκαλιστό πλαίσιο, έστησε την παλαιά θαυματουργό εικόνα της Παναγίας, η οποία, μετά την πυρκαγιά, βρέθηκε καλά φυλαγμένη κάτω από μια μηλιά του κήπου της μονής.
Δυστυχώς και ο ιερός εκείνος Ναός κάηκε κατά τα τέλη του 1842 μ.Χ. εξ απροσεξίας, από κερί που λησμονήθηκε μέσα σ’ αυτόν αναμμένο· τότε δε εκτός από πολλές εικόνες και οστά Μαρτύρων και Αγίων και παλαιών εγκολπίων, αποτεφρώθησαν και τα έγγραφα των προνομίων της Μονής, τα οποία μαζί με άλλα κειμήλια φυλάσσονταν μέσα στο Ιερό, εντός ξύλινης θήκης.
Χωρίς αναβολή, με την φροντίδα του δραστήριου Ηγουμένου Μελετίου, άρχισε να κτίζεται νέος Ναός, ο μέχρι σήμερα διατηρούμενος τρίκλιτος, ευρυχωρότερος βεβαίως του παλαιού, για να επαρκεί στον συνεχώς αυξανόμενο αριθμό των προσκυνητών, τούς οποίους προσείλκυε η φήμη της παλαιάς θαυματουργού εικόνος.
Κατά το έτος 1939 μ.Χ., απεβίωσε ο Ηγούμενος της Μονής Ιάκωβος. Τότε, ο Μητροπολίτης Πάφου Λεόντιος μετέτρεψε το σύστημα της λειτουργίας της Μονής από Ιδιόρρυθμο σε Κοινοβιακό, αφού κάλεσε για τον σκοπό αυτό Μοναχούς από την Μονή Σταυροβουνίου, με Προϊστάμενο τον Οσιώτατο Μοναχό Δαμασκηνό. Μετά από τρία έτη απεβίωσε και ο Προϊστάμενος Δαμασκηνός και έγινε Ηγούμενος ο Αρχιμανδρίτης της Παγκράτιος, τον οποίο εκάλεσαν από το Πατριαρχείον Αλεξανδρείας.
Η γραφική Τροοδίτισσα, ως Κοινόβιο, ανέκτησε στα χέρια του Ηγουμένου Παγκρατίου τον ρυθμό της ομαλής δραστήριας Μοναχικής ζωής και φαινόταν σαν μια όαση μέσα στην έρημο, που ανάπαυε τους ευσεβείς προσκυνητές και επισκέπτες της. Τον Απρίλιο του 1968 μ.Χ. ανεπαύθη εν Κυρίω ο Ηγούμενος Παγκράτιος και αντί' αυτού ανέλαβε την ηγουμενία ο ιερομόναχος της Μονής Αθανάσιος, συνεχίζοντας το έργο του προκατόχου του και την ιεράν αποστολή της Μονής.