Ο ναός είναι αφιερωμένος στο Γενέθλιο της Θεοτόκου και φέρει την επωνυμία «Καλαμιώτισσα», επειδή βρίσκεται στο όρος Κάλαμος της Ανάφης. Κατά την τοπική παράδοση ονομάζεται έτσι γιατί η εικόνα της Θεοτόκου βρέθηκε σε κορυφή βράχου, αναρτημένη επάνω σε καλάμι. Επειδή η Θεοτόκος ήθελε να κτιστεί εκεί το μοναστήρι της μετέφερε την νύχτα τα εργαλεία των εργατών που έκτιζαν την εκκλησία. Έτσι το μοναστήρι οικοδομήθηκε στην κορυφή του βράχου, ύψους 460 μ.
Το καθολικό είναι ένας μονόχωρος τρουλαίος ναός με υψηλές αναλογίες, οκτάπλευρο εξωτερικά τύμπανο τρούλου, ευρεία ημικυκλική αψίδα ιερού και δίτοξο νεοκλασικό καμπαναριό. Το καθολικό σώζει εσωτερικά ξυλόγλυπτο τέμπλο του 18ου αιώνα μ.Χ. Την μονή επισκέφθηκε περί το 1700 μ.Χ. ο Γάλλος περιηγητής Τουρνεφόρ, ο οποίος χαρακτηρίζει την τοποθεσία ως μία από τις τρομερότερες του κόσμου.
Πρώτος μοναχός έγινε κάποιος εμποροπλοίαρχος από την Οία, ο οποίος σώθηκε επικαλούμενος την Παναγία και υποσχέθηκε να την διακονήσει. Μετά από λίγο χρόνο πήγε και ο αδελφός του. Έμειναν έξω από την Καλαμιώτισσα σε δύο κελιά, ενώ έκτισαν άλλα δύο και ανακαίνισαν την υπάρχουσα δεξαμενή. Στον τοίχο ενός κελιού, απέναντι από τον ναο, υπήρχε εντοιχισμένη μικρή πλάκα με εγχάρακτη επιγραφή: «Οἴᾳ τῆς Θήρας 1715 ᾿Αδελφοὶ Μοναχοὶ ᾿Αγάπιος καὶ Μελέτιος». Εκλάπη το 2003 μ.Χ.
Το 1751 μ.Χ., κατόπιν πατριαρχικού Σιγιλλίου του Σωφρονίου από τα Ιεροσόλυμα (1774 - 1780 μ.Χ.), η Μονή ανακηρύσσεται Πατριαρχικό Σταυροπήγιο. Τα σταυροπηγιακά του δίκαια ανανεώνονται το 1798 μ.Χ. από τον πατριάρχη Γρηγόριο Ε' (βλέπε 10 Απριλίου).
Η δυσκολία πρόσβασης λόγω του αποτόμου της περιοχής, συν τω χρόνω, έγινε αιτία ερήμωσης της Μονής, που μεταφέρθηκε στη σημερινή της θέση, σε επίπεδο έδαφος και στον αύλιο χώρο του ιερού του Αιγλήτου Απόλλωνος.
Ο ναός οικοδομήθηκε το 1850 μ.Χ., από τον ηγούμενο Μακάριο Αρβανίτη η Μαύρο, από την Ανάφη. Πρόκειται για μονόχωρο τρουλαίο Ναό με νεότερο πολύτοξο καμπαναριό στη δυτική πρόσοψη. Εσωτερικά διασώζει ζωγραφικό και ξυλόγλυπτο τέμπλο του 19ου αιώνα μ.Χ. Οι περισσότερες εικόνες είναι έργα του Νικολάου Καραβία, από το δεύτερο μισό επίσης του 19ου αιώνα μ.Χ. Ανάμεσα σ’ αυτές και η σαφώς πρωιμότερη της Παναγίας Καλαμιωτίσσης με την αργυρεπίχρυση επένδυση.
Η νέα μονή όμως ερημώθηκε κι αυτή και ο ηγούμενός της Αγάπιος Σιγάλας παρέμεινε εκεί για πολλά χρόνια ελπίζοντας στη μετάβαση μοναχών. Εξαιτίας της λειψανδρίας κατέστη αναπόφευκτη η ανάγκη ένταξής της στον Προφήτη Ηλία στη Θήρα. Η ένταξή της ως μετόχι έγινε στις 30 Απριλίου 1930 μ.Χ. και καταχωρήθηκε στο ΦΕΚ 144/7-5-1930. Από τότε αποτελεί μετόχι της Μονής Προφήτου Ηλιού Θήρας και εποπτεύεται από αυτήν.
Από τα χρόνια της Τουρκοκρατίας ως τις μέρες μας, η Μονή λειτουργεί ως προσκύνημα με εξαιρετική απήχηση μέσα κι έξω από τα όρια της Ανάφης. Εκεί γίνεται στις 7-8 Σεπτεμβρίου το μεγάλο πανηγύρι του νησιού.
Αριστερά της νέας Μονής βρίσκεται ο ναός του Αγίου Μακαρίου και από κάτω ο παλαιός ναός της Ζωοδόχου Πηγής, ο οποίος χρησίμευε και ως δεύτερο Καθολικό. Τώρα είναι αφιερωμένος στους Αγίους μάρτυρες Απόλλωνα και Σωκράτη.
Έξω από τη Μονή, βόρεια, δεσπόζει το εκκλησάκι του Αγίου Νεκταρίου, σε θέση όπου παλαιότερα υπήρχε ανεμόμυλος. Κτίσθηκε το 1970 μ.Χ. από τον προηγούμενο Ιωάννη Αρβανίτη. Ακόμη, στα όρια των κτημάτων της Μονής και σε απόσταση 2 χλμ. βρίσκεται το εκκλησάκι των Αγίων Αναργύρων, ενώ στην ορεινή βορειοδυτική πλευρά της ο Άγιος Μάμας.
