Ο Όσιος Ιωάννης γεννήθηκε περί το 778 μ.Χ. στην Ειρηνούπολη, που υπαγόταν στη Δεκάπολη της Κοίλης Συρίας. Οι γονείς του, ο Θεόδωρος και η Γρηγορία, διακρίνονταν για την ευσέβειά τους, την οποία και μετέδωσαν με κάθε φροντίδα στον ευπειθή υιό τους. Κατά την παιδική του ηλικία περνούσε τον χρόνο του μεταξύ της ανατροφής του αυτής, των σπουδών του και πολλών αγαθοεργιών, με τις οποίες οι γονείς του προσπάθησαν από νωρίς να τον εξοικειώσουν. Η ίδια ευσέβεια και η φιλάνθρωπη τάση τον διέκρινε και κατά τη νεότητά του, κατά την οποία με την τήρηση του θείου θελήματος διατηρήθηκε μακριά από κάθε ματαιότητα και ακαθαρσία.
Αργότερα έγινε μοναχός. Και στη νέα αυτή ζωή δεν ευδοκίμησε λιγότερο. Ο ζήλος του και η παιδεία του τον έκαναν να ξεχωρίσει στην εκτίμηση των λοιπών αδελφών, τον παρέλαβε δε μαζί του ο ηγούμενος της μονής στη Νίκαια, το 787 μ.Χ., όπου τότε συγκαλείτο η Ζ' Οικουμενική Σύνοδος. Μετά από το τέλος της Συνόδου ήλθαν και οι δύο στην Κωνσταντινούπολη. Και επειδή και οι δυο τους κατά την διάρκεια των συνοδικών εργασιών απέσπασαν την ευμενή προσοχή και της βασίλισσας Ειρήνης και του Πατριάρχη Ταρασίου, ο γέροντας και ηγούμενός του, αναδείχθηκε ηγούμενος της μονής των Δαλμάτων, ο δε Όσιος Ιωάννης χειροτονήθηκε Πρεσβύτερος και κατά τους χρόνους του αυτοκράτορα Νικηφόρου (802 - 811 μ.Χ.), που διαδέχθηκε την Ειρήνη στον βασιλικό θρόνο, διορίσθηκε ηγούμενος στο μοναστήρι, το αποκαλούμενο των Καθαρών.
Τα καθήκοντά του εκεί τα άσκησε με κάθε ευσυνειδησία, αφού πρόσεξε να προαγάγει την πειθαρχία μεταξύ των αδελφών και να υψώσει την πνευματική και ηθική ζωή τους. Και επειδή κατά τα χρόνια εκείνα εξακολουθούσαν ακόμα οι συνέπειες εκείνου του σαλού εναντίων των εικόνων, ο Όσιος Ιωάννης μετέδιδε στους μοναχούς του τα διδάγματα της Ορθοδοξίας και τους προετοίμαζε σε κάθε τόλμη και κάθε κίνδυνο γι' αυτά. Και η μέρα της μεγάλης δοκιμασίας φανερώθηκε κατά τους χρόνους του βασιλέως Λέοντος του Ε', ο οποίο κατέλαβε τον θρόνο το έτος 813 μ.Χ.
Ο βασιλέας αυτός συμπαθούσε τις αρχές της μεταρρυθμίσεως. Μεταξύ δε των άλλων, κρίνοντας επιπόλαια τα πράγματα, πρέσβευε ότι η Εκκλησία δεν θα μπορούσε να ανορθωθεί, εάν επιτέλους δεν επερχόταν η πλήρης κατάργηση των αγίων εικόνων από αυτή. Ότι μια τέτοια δοξασία ήταν ανόητη, ότι οι υπέρμαχοι της λεγόμενης μεταρρυθμίσεως μέσω του λυσσαλέου αγώνος κατά των εικόνων, κατανάλωσαν χωρίς λόγο δυνάμεις πολύτιμες για το βυζαντινό κράτος και την Εκκλησία, το ομολογούν και περίφημοι ιστορικοί.
Ο Λέων ο Ε' όμως παρασυρόταν και ο ίδιος από την τυφλή προκατάληψη κατά των εικόνων. Σε αυτό τον ωθούσαν και δύο άνδρες που ασκούσαν πάνω του μεγάλη επιρροή, ο Θεόδοτος Μελισσηνός και ο Ιωάννης ο Γραμματικός. Προέβη λοιπόν σε διατάγματα και βίαια μέτρα για την κατάργηση των ιερών εικόνων και επεχείρησε φοβερό διωγμό εναντίων των Ορθοδόξων Επισκόπων και ηγουμένων και μοναχών, το οποίο επέκτεινε και εναντίον των συγκλητικών, πατρικίων, ακόμα δε και εναντίον γυναικών και παρθένων. Το μοναστήρι των Καθαρών συμπεριελήφθη στον διωγμό. Μαινόμενοι στρατιώτες άρπαξαν τα υπάρχοντά του, οι μοναχοί κακοποιήθηκαν και διασκορπίσθηκαν, ενώ ο ηγούμενος Ιωάννης οδηγήθηκε σιδηροδέσμιος στην Κωνσταντινούπολη. Ο βασιλέας είχε ακούσει πολλά γι' αυτόν. Και θέλησε να τον δει, θεωρώντας ότι δεν είναι δυνατόν να τον μεταπείσει. Αλλά ο Όσιος, αφού απέδειξε το αντιορθόδοξο και επιβλαβές πνεύμα του διωγμού κατά των εικόνων, έλεγξε τον βασιλέα για το πείσμα του και τις δυσσεβείς απόψεις του και προανήγγειλε σε αυτόν ότι η δυσμένεια των Αγίων και η κατακραυγή των θυμάτων προς τον Θεό θα έφερναν κάποια ημέρα την τιμωρία.
Ο βασιλέας εξοργίσθηκε και διέταξε την κράτηση του Οσίου σε μετόχι του μοναστηριού του. Διότι δεν σταμάτησε να διατηρεί τη μάταιη ελπίδα ότι ωριμότερα σκεπτόμενος ο Όσιος, θα συμμορφωνόταν προς την βασιλική θέληση. Όταν όμως αντιλήφθηκε την άκαρπη προσδοκία του, τον εξόρισε σε φρούριο που ονομαζόταν Πενταδάκτυλο και βρισκόταν στη χώρα της Λάμπης.
Από εκεί, μετά από αυστηρή κάθειρξη δεκαοκτώ μηνών, τον μετέφεραν πάλι στην Κωνσταντινούπολη, όπου μάταιες, όπως και πριν, απέβησαν οι προσπάθειες και του νέου Πατριάρχη Θεοδότου Α' του Μελισσηνού (815 - 821 μ.Χ.), του επονομαζόμενου Κασσιτερά, να παραπείσουν τον Όσιο να απαρνηθεί τις άγιες εικόνες. Ακολούθησε νέα κάθειρξη του Ιωάννου, η οποία διήρκησε δύο χρόνια, στο φρούριο Κριόταυρο των Βουκελλαρίων. Και εκεί υπέστη τα πάνδεινα, χωρίς όμως να μετριασθεί στο παραμικρό ο ζήλος του προς τις ιερές εικόνες.
Η πρόρρησή του επαληθεύθηκε. Ο Λέων ο Ε' σφαγιάσθηκε, διαδέχθηκε δε αυτόν ο Μιχαήλ ο Β'. Αυτός σχεδίαζε να συμβιβάσει τα αντίπαλα στρατόπεδα, δηλαδή των φίλων της μεταρρυθμίσεως και των υπερασπιστών των αγίων εικόνων, επέτρεψε δε στους διωχθέντες από τον Λέοντα τον Ε', να επανέλθουν από την εξορία τους. Επανήλθε τότε και ο Όσιος Ιωάννης. Αλλά οι αντίπαλοι των εικόνων έπεισαν τον βασιλέα να του επιτρέψει διαμονή μόνο στη Χαλκηδόνα. Έτσι του απαγορεύθηκε η είσοδος στην Κωνσταντινούπολη.
Τον Μιχαήλ διαδέχθηκε ο υιός του Θεόφιλος, κατά το 829 μ.Χ., θιασώτης και αυτός και προστάτης της μεταρρυθμίσεως και εχθρός των εικόνων. Ο Όσιος Ιωάννης, το έτος 836 μ.Χ., θέλησε να εισέλθει στην Κωνσταντινούπολη για να μείνει κοντά στους ομόφρονές του κληρικούς, στην περιοχή ενός ναού. Αλλά, ο τότε Πατριάρχης Ιωάννης ο Ζ' ο Γραμματικός (836 - 842 μ.Χ.) δεν το επέτρεψε και εξόρισε τον Όσιο στη νήσο Αφουσία. Εκεί ο Όσιος Ιωάννης, μετά από δυόμισι χρόνια, πιθανώς το έτος 839 μ.Χ., κοιμήθηκε με ειρήνη.
