Η Ιερά Μονή Φανερωμένης βρίσκεται σε απόσταση 15 χιλ. από την πόλη της Νάξου, εντός των ορίων της Κοινότητας Κωμιακής, και εορτάζει κατά την Εορτή της Κοιμήσεως της Θεοτόκου, στις 15 και 23 Αυγούστου. Σε διάφορα έγγραφα αναφέρεται και ως «Πεφανερωμένη», «Ακρωτηριώτισσα» ή «εἰς τά ἄσπρα χώματα κειμένη». Πανέμορφο κτίριο, ολόλευκο, μετά την ανακαίνισή του από τον Σεβ. Μητροπολίτη Παροναξίας κ. Αμβρόσιο, η Ιερά Μονή Φανερωμένης, αγναντεύει το γαλάζιο ελληνικό Αιγαίο και τα γύρω Κυκλαδονήσια.
Η παράδοση αναφέρει ότι τρείς ναυτικοί που κινδύνευαν να καταποντιστούν από τρικυμία κοντά στα δυτικά παράλια της Νάξου, παρακάλεσαν την Υπεραγία Θεοτόκο να τους σώσει. Μέσα στο πυκνό σκοτάδι παρατήρησαν ένα φως στην παραλία. Με δυσκολία έφθασαν εκεί και αντικρύζουν μια μικρή εικόνα της Παναγίας. Μετ' ευλαβείας την τοποθετούν στο ναϊδριο του Προφήτη Ηλία. Ήδη έχει επέλθει γαλήνη. Οι ναυαγοί επιχειρούν να επιβιβαστούν στο μικρό τους πλοίο και να φύγουν. Όμως, η Κυρία των Αγγέλων εμπόδισε τον απόπλουν και οι τρείς ναυτικοί ενώπιον της Αγίας Εικόνας υπόσχονται ότι θα επιστρέψουν και θα κτίσουν μοναστήρι.
Άγνωστος παραμένει ο ακριβής χρόνος ανεγέρσεως της Ιεράς Μονής. Στον κώδικά της υπάρχει μεταγραφή εγγράφου, διά χειρός του αειμνήστου εκπαιδευτικού Αντωνίου Κατσουρού, από το κείμενο του οποίου συμπεραίνουμε τα εξής:
1) Η Ι. Μονή Φανερωμένης προϋπήρχε του 1597 μ.Χ. Είχε ονομαστεί «Σταυροπήγιο» από τον Οικουμενικό Πατριάρχη Θεόληπτο.
2) Ως μικρή Μονή, πιθανόν να προϋπήρχε δεκάδες χρόνια. Με την πάροδο των χρόνων, αφού απέκτησε σημαντική περιουσία και αρκετούς μοναχούς, έγινε Σταυροπήγιο για να τύχει των προνομίων που δικαιούταν ως προστατευόμενη Μονή του Οικουμενικού Θρόνου.
3) Η παράδοση για την ανεύρεση της Ιεράς Εικόνας της Παναγίας μας, μας φέρνει σε χρόνους πολύ μακρινούς, όταν οι Χριστιανοί της Κωνσταντινουπόλεως και άλλων παραθαλασσίων πόλεων έριχναν στη θάλασσα τις εικόνες για να μην καταστραφούν από τους Εικονομάχους ή τους σταυροφόρους μετά την Δ’ Σταυροφορία του 1204 μ.Χ. Εξ άλλου, είναι γνωστό, ότι και άλλες Εικόνες της Νάξου συνδέονται με τέτοιες ευλαβικές παραδόσεις, όπως η Παντάνασσα, η Χρυσοπολίτισσα, η Αγιά.
Λίγα χρόνια αργότερα, ο Μητροπολίτης Παροναξίας Νικηφόρος Μελισσηνός (1613 – 1617 μ.Χ.) ανέτρεψε το σιγίλλιον του 1597 μ.Χ. με άλλο του 1614 μ.Χ. και πήρε το Μοναστήρι υπό την διοίκηση της Μητροπόλεως. Πολύ αργότερα, ο Εθνομάρτυς και Άγιος Γρηγόριος ο Ε’, Πατριάρχης Κωνσταντινουπόλεως (βλέπε 10 Απριλίου), το αποκαθιστά και πάλι ως Σταυροπήγιο (1798 μ.Χ.). Το ίδιο πράττει και ο επίσης Εθνομάρτυς Πατριάρχης Κύριλλος ο ΣΤ’ (βλέπε 18 Απριλίου), κατά το έτος 1816 μ.Χ.
Κατά την 19ο αιώνα μ.Χ. η Ιερά Μονή ακμάζει. Ηγούμενος από το 1816 μ.Χ. αναλαμβάνει ο Δωρόθεος Τζιώτης, που το 1826 μ.Χ. ιδρύει δύο αλληλοδιδακτικά Σχολεία, ένα στο Μετόχι της Αγίας Κυριακής και ένα στους Ακαδήμους της Τραγαίας. Στην Αγία Κυριακή λειτουργούσε σχολείο από τα τέλη του 18ου αιώνα μ.Χ. Αργότερα, ηγούμενος της Μονής εκλέγεται ο Ηλίας Γεωργιάδης, μεγάλη πνευματική μορφή, που αναλίσκεται μεταξύ Νάξου και Πάρου. Εκοιμήθη το 1860 μ.Χ. και ετάφη στον Προφήτη Ηλία, πλησίον της Φανερωμένης. Μαθητής του και αδελφός της Μονής υπήρξε και ο Άγιος Αρσένιος ο εν Πάρω (βλέπε 31 Ιανουαρίου). Με την ανατολή του 20ού αιώνα, η Μονή αρχίζει να παρακμάζει. Ηγούμενοι κατά την περίοδο αυτή είναι ο Κύριλλος Σαραντινός, Ανδρέας Παυλάκης, Ανδρόνικος Παλυβός, Γρηγόριος Συνοίκης, Αλέξανδρος Μοστράτος και ο Αντώνιος Παραράς. Ηγούμενος για μικρό διάστημα διετέλεσε και ο Σεβ. Μητροπολίτης κ. Αμβρόσιος, όταν υπηρετούσε στην Μητρόπολή Παροναξίας ως Ιεροκήρυξ. Τρείς βασικές αιτίες οδήγησαν την Μονή στην παρακμή: Οι συνεχείς απαλλοτριώσεις των κτημάτων της από το κράτος, οι κατά καιρούς εκποιήσεις της περιουσίας της και παραχωρήσεις για εκκλησιαστικούς σκοπούς από ορισμένους μοναχούς και η τότε παρακμή του μοναχισμού.
Την Μονή επισκέφθηκαν κατά την περίοδο της Φραγκοκρατίας - Τουρκοκρατίας αρκετοί περιηγητές, μεταξύ των οποίων οι Γάλλοι μοναχοί Ροβέρτος Σωζέ και Φραγκίσκος Ταριγιόν και ο Γερμανός Ιγνάτιος Λίχτζε, που δημοσιεύουν τις εντυπώσεις τους στον τύπο της εποχής. Επίσης, οι Τεβενότ και Ντουλίτ (1874 μ.Χ.) δίνουν αρκετές πληροφορίες για το μοναστήρι. Η Μονή Φανερωμένης είχε υπό την επιστασία της και τα μετόχια της Αγ. Κυριακής Νάξου, Αγ. Μηνά Νάξου, Αγ. Γεωργίου Πάρου και Αγ. Κυριακής Πάρου (στην πραγματικότητα μετόχι του Αγ. Γεωργίου Πάρου).
