Ο Άγιος Νικόλαος, κατά κόσμο Ιωάννης Ντιμιτρέβιτς Κασάτκιν, γεννήθηκε την 1η Αυγούστου 1836 μ.Χ. στο χωριό Μπεργιοζόβσκυ του Μπελσκ, κοντά στην περιοχή του Σμολένσκ. Οι γονείς του ονομάζονταν Δημήτριος και Ξένη και ήσαν ευσεβείς και φιλόθεοι. Έτσι ο Άγιος αγάπησε τον εκκλησιαστικό βίο από την παιδική του ηλικία και έκανε τα πρώτα του βήματά του μέσα στην Εκκλησία με την βοήθεια του πατέρα του, ο οποίος ήταν ιερεύς. Όταν ο Ιωάννης μεγάλωσε, πήγε στο τοπικό δημοτικό σχολείο και μετά στο εκκλησιαστικό σεμινάριο του Μελίνσκι. Αφού αποφοίτησε μεταξύ των πρώτων, συνέχισε τις σπουδές του στη θεολογική ακαδημία της Αγίας Πετρουπόλεως, από την οποία τελείωσε το έτος 1861 μ.Χ.
Στην Ιαπωνία, λίγο μετά την άφιξη των Πορτογάλων Ιησουιτών στο νότιο άκρο τον 17ο αιώνα μ.Χ., οι Ολλανδοί έμποροι είχαν πείσει την κυβέρνηση πως πρέπει η χώρα να προφυλαχθεί από την ολέθρια επιρροή των ξένων. Το αποτέλεσμα ήταν να κλείσουν τα λιμάνια για όλους εκτός από τους εμπόρους αυτούς. Για διακόσια χρόνια κράτησε η πολιτική του απομονωτισμού, που άρχισε σιγά - σιγά να υποχωρεί. Έτσι δόθηκε στον Άγιο Νικόλαο η ευκαιρία να κηρύξει το Ευαγγέλιο στην Άπω Ανατολή.
Στο Χακοντάτε, λιμάνι της βόρειας Ιαπωνίας, εγκαταστάθηκε Ρωσική Πρεσβεία και το προσωπικό της χρειαζόταν εφημέριο. Ο Ιωάννης, που πριν τελειώσει την ακαδημία είχε καρεί μοναχός, είχε μετονομασθεί σε Νικόλαο και είχε χειροτονηθεί Πρεσβύτερος το 1860 μ.Χ. από τον Μητροπολίτη Νόβγκοροντ και Αγίας Πετρουπόλεως Γρηγόριο, ήταν εκείνος που με χαρά δέχθηκε να εργαστεί ιεραποστολικά στην Ιαπωνία. Και έτσι το 1861 μ.Χ., σε ηλικία 26 ετών, ο νεαρός ιερομόναχος ξεκίνησε χωρίς συνοδεία και ταξίδεψε στην Σιβηρία. Έτσι έφθασε στο Χακοντάτε ως εφημέριος του διπλωματικού σώματος. Από εκεί έστειλε γράμμα στον Μητροπολίτη της Αγίας Πετρουπόλεως περιγράφοντας τον πολιτισμό, την ευγένεια και τον λεπτό χαρακτήρα των Ιαπώνων. Τους θαύμαζε γι' αυτά και όμως συγχρόνως τους λυπόταν, επειδή τους έλειπε το κυριότερο: η Ορθόδοξη πίστη.
Στο Χακοντάτε δεν τον είχαν υποδεχθεί θερμά ούτε οι Ρώσοι ούτε οι Ιάπωνες. Ειδικά οι τελευταίοι, εξ' αιτίας του χρόνιου απομονωτισμού τους, δεν είχαν την διάθεση να ακούσουν το κήρυγμα του Ευαγγελίου. Αυτό αποθάρρυνε κάπως το Νικόλαο. Στις 9 Σεπτεμβρίου του 1861 μ.Χ., όμως, δέχθηκε της επίσκεψη του Αρχιεπισκόπου Ιννοκεντίου, ιεραποστόλου της Αμερικής. Εκείνος τον επετίμησε για τον φθίνοντα ενθουσιασμό του και τον συμβούλεψε να μάθει την ιαπωνική γλώσσα. Έτσι και έγινε. Ο Άγιος Νικόλαος έμαθε την γλώσσα και άρχισε να κηρύττει. Κάποια βραδιά, λοιπόν, καθώς μελετούσε στο κελί του, βλέπει ένα σαμουράι να ορμά στο δωμάτιό του με το σπαθί στο χέρι. Θα τον έσφαζε, του είπε, εάν δεν σταματούσε να «διαφθείρει» με τα κηρύγματά του τους ντόπιους. Ταπεινά ο Άγιος Νικόλαος δέχθηκε να πεθάνει, αν όμως πρώτα ο επίδοξος δολοφόνος του θα μάθαινε τι μελετούσε την ώρα εκείνη. Ο σαμουράι άφησε το σπαθί του, για να ακούσει τι είχε να του πει ο Άγιος. Και έτσι αυτός άρχισε να του εξηγεί την δημιουργία του σύμπαντος από τον Θεό, το σχέδιο της Θείας Οικονομίας και πως ο Χριστός ήλθε στον κόσμο για να σώσει τον άνθρωπο. Το αποτέλεσμα ήταν, ο παραλίγο δήμιός του να κατηχηθεί και να βαπτισθεί. Λίγα χρόνια αργότερα ο σαμουράι Τακούμα Σαβάμπε έγινε ο πατήρ Παύλος, ο πρώτος Ορθόδοξος Ιάπωνας ιερέας. Ακολούθησαν χρόνια ιεραποστολικής δράσεως, μεταφράσεως λειτουργικών βιβλίων και της Αγίας Γραφής και έντονης κατηχητικής διακονίας.
Το έτος 1880 μ.Χ., μετά από πολλά χρόνια ιεραποστολικής δράσεως, εξελέγη και χειροτονήθηκε Επίσκοπος της Ορθόδοξης Ιαπωνικής Εκκλησίας της Ρωσικής Διασποράς. Το ιεραποστολικό του έργο ήταν πολύ μεγάλο. Κατήχησε και βάπτισε χιλιάδες ανθρώπους. Φρόντισε για την ανέγερση ναών, την πνευματική καλλιέργεια και την λειτουργική αγωγή του εφημεριακού κλήρου. Ο ίδιος έλεγε χαρακτηριστικά: «Ο Ορθόδοξος ιεραπόστολος οφείλει να έχει ανοιχτές τις πόρτες του σπιτιού του, γι' αυτούς που επιθυμούν μια προσωπική επικοινωνία και να μεταβαίνει πρόθυμα όπου υπάρχει δυνατότητα μεταδόσεως του Ευαγγελίου».
Ο Άγιος Νικόλαος κοιμήθηκε με ειρήνη το έτος 1912 μ.Χ.