Η ονομασία της προέρχεται από τη βυζαντινή Παναγία «Νικοποιός» και είναι χτισμένη, όπως και άλλες εκκλησίες του νησιού, πάνω σε ερείπια αρχαίων ναών. Σήμερα διατηρείται μόνο το καθολικό της μονής που στα χρόνια της Τουρκοκρατίας λίγο πριν το 1821 μ.Χ. στέγασε τη μεγάλη Σχολή υπό τον Ελληνοδιδάσκαλο Μακάριο. Ένας θρύλος που συνοδεύει την Παναγία του Νίκους είναι ότι εδώ είχε μεταφερθεί στα χρόνια της Αλώσεως από την Κωνσταντινούπολη η περίφημη εικόνα της Παναγίας Νικοποιού και ότι από εδώ την «πήραν» οι Ενετοί κατακτητές για να την τοποθετήσουν στον Άγιο Μάρκο της Βενετίας όπου φυλάσσεται μέχρι σήμερα.