Το ναό αυτόν, αφιερωμένο στον Σωτήρα Χριστό, τον Αρχάγγελο Μιχαήλ και τον Προφήτη Ηλία, έκτισε στα ανάκτορα της Κωνσταντινουπόλεως ο αυτοκράτορας Βασίλειος ο Β' κατά το ένατο έτος της βασιλείας αυτού (876 μ.Χ.), αφού περισυνέλεξε μάρμαρα, κίονες και ψηφίδες από ερειπωμένους ναούς. Τα εγκαίνια της Νέας Εκκλησίας έγιναν την 1η Μαΐου του 881 μ.Χ. από τον Πατριάρχη Φώτιο.
Στην εορτή του ναού κατά τον 10ο αιώνα μ.Χ. συνηθιζόταν η προσέλευση του αυτοκράτορα, ο δε Πατριάρχης ανέβαινε στο παλάτι και από εκεί κατέβαινε στη Νέα Εκκλησία, για να λειτουργήσει.